A stable phylogeny of the large‐spored <i>Metschnikowia</i> clade
Notice bibliographique
Résumé
Draft genomes of 55 strains representing all known large-spored Metschnikowia species were used to construct a robust phylogeny of these yeasts found in association with flower-visiting insects. The genomes were annotated with reference to Clavispora lusitaniae. From 3016 orthologues identified, 1061 were present in all strains with enough overlap to generate alignments of 500 bp or more. We constructed trees for all those alignments and evaluated their accuracy from their ability to resolve each of 22 sets of conspecifics correctly as sister taxa. Neighbour-joining identified species membership better than maximum likelihood, as did trees based on larger gene alignments. However, correct species assignment was not predictive of a gene's ability to resolve deeper topologies, which were more reliably identified by maximum likelihood analyses of large concatenations. Specifically, 14 trees based on independent concatenations ca. 100 kb in length were topologically consistent with a tree based on a single, large concatenation (1 410 065 positions), lending a high degree of confidence to the stability of the phylogeny. A tree based on a concatenation of intergenic regions (112 136 positions) was also congruent. Again, the best predictor of phylogenetic signal quality of a gene was the size of the alignment. Bootstraps were not always good indicators of phylogenetic quality, as they were sometimes affected by clade size. A tree constructed from a presence-absence matrix of all annotated genes was remarkably congruent with sequence-based phylogenies, suggesting that gain or loss of genes is worth exploring further as a phylogenetically significant event. Copyright © 2016 John Wiley & Sons, Ltd.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».