Resolving the Phylogenetic Position of Coelacanth: The Closest Relative Is Not Always the Most Appropriate Outgroup
Notice bibliographique
Résumé
Determining the phylogenetic relationship of two extant lineages of lobe-finned fish, coelacanths and lungfishes, and tetrapods is important for understanding the origin of tetrapods. We analyzed data sets from two previous studies along with a newly collected data set, each of which had varying numbers of species and genes and varying extent of missing sites. We found that in all the data sets the sister relationship of lungfish and tetrapods was constructed with the use of cartilaginous fish as the outgroup with a high degree of statistical support. In contrast, when ray-finned fish were used as the outgroup, which is taxonomically an immediate outgroup of lobe-finned fish and tetrapods, the sister relationship of coelacanth and tetrapods was supported most strongly, although the statistical support was weaker. Even though it is generally accepted that the closest relative is an appropriate outgroup, our analysis suggested that the large divergence of the ray-finned fish as indicated by their long branch lengths and different amino acid frequencies made them less suitable as an outgroup than cartilaginous fish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».