Agonist-dependence of functional properties for common nonsynonymous variants of human transient receptor potential vanilloid 1
Notice bibliographique
Résumé
Transient receptor potential vanilloid 1 (TRPV1) is a polymodal receptor activated by capsaicin, heat, and acid, which plays critical roles in thermosensation and pain. In addition, TRPV1 also contributes to multiple pathophysiological states in respiratory, cardiovascular, metabolic, and renal systems. These contributions are further supported by evidence that variations in the human TRPV1 (hTRPV1) gene are associated with various physiological and pathological phenotypes. However, it is not well understood how the variations in hTRPV1 affect channel functions. In this study, we examined functional consequences of amino acid variations of hTRPV1 induced by 5 nonsynonymous single-nucleotide polymorphisms (SNPs) that most commonly exist in the human population. Using electrophysiological assays in HEK293 cells, we examined 9 parameters: activation, Ca permeation, and desensitization after activation by capsaicin, acid, and heat. Our results demonstrated that the 5 SNPs differentially affected functional properties of hTRPV1 in an agonist-dependent manner. Based upon the directionality of change of each phenotype and cumulative changes in each SNP, we classified the 5 SNPs into 3 presumptive functional categories: gain of function (hTRPV1 Q85R, P91S, and T469I), loss of function (I585V), and mixed (M315I). These results reveal a spectrum of functional variation among common hTRPV1 polymorphisms in humans and may aid mechanistic interpretation of phenotypes associated with nonsynonymous hTRPV1 SNPs under pathophysiological conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».