Design and Synthesis of Lasso-Inspired Peptides with Antibacterial Activity
Notice bibliographique
Résumé
Microcin J25 (MccJ25) is a 21-residue ribosomally synthesized bactericidal peptide produced by Escherichia coli strains with an unusual lariat protoknot structure [1]. MccJ25 exhibits bactericidal activity toward several Gram-negative food-borne pathogens, including Salmonella, Shigella and E. coli [2]. The particular lasso topology of MccJ25 makes the peptide highly resistant to denaturation by high temperatures or proteolysis. These are attractive properties to both pharmaceutical and food industries. MccJ25 structure consists of an 8-residue cycle (lariat ring) formed by a lactam bond between the N-terminal amine and the Glu side chain, which is followed by a 13-residue tail that loops back to thread through the ring (Figure 1). The C-terminal tail (residues 9-21) of the peptide is tightly trapped in the lariat ring due to the presence of two aromatic side chains at positions 19 and 20. RNA polymerase appears to be the principal intracellular target of MccJ25 but other mode of actions have also been identified including inhibition of the respiratory chain [3-5]. SAR studies by site-directed mutagenesis revealed that the inhibitory activity of MccJ25 tolerates a number of residue substitutions [6]. Recent attempts to produce the lasso structure of MccJ25 by chemical synthesis have not yielded successful microbial inhibitors. Nevertheless, two synthetic peptides derived from MccJ25 without lasso folding were found to be bactericidal [7]. The current lack of information on MccJ25 structure and its essential features for antimicrobial activity could be overcome by chemical engineering and computational studies. We hypothesized that lasso formation is important but not a prerequisite for the activity of MccJ25 and that it may be possible to obtain derivatives that are active without the lasso structure [8]. In this study, we report synthetic peptides based on the MccJ25 sequence but devoid of lasso folding yet retaining activity against bacteria (S. enterica and E. coli) and specific intracellular targets (RNA polymerase and the respiration chain).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».