Identification of Polymorphisms Associated with Drought Adaptation QTL in<i>Brassica napus</i>by Resequencing
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Brassica napus is a globally important oilseed for which little is known about the genetics of drought adaptation. We previously mapped twelve quantitative trait loci (QTL) underlying drought-related traits in a biparental mapping population created from a cross between winter and spring B. napus cultivars. Here we resequence the genomes of the mapping population parents to identify genetic diversity across the genome and within QTL regions. We sequenced each parental cultivar on the Illumina HiSeq platform to a minimum depth of 23 × and performed a reference based assembly in order to describe the molecular variation differentiating them at the scale of the genome, QTL and gene. Genome-wide patterns of variation were characterized by an overall higher single nucleotide polymorphism (SNP) density in the A genome and a higher ratio of nonsynonymous to synonymous substitutions in the C genome. Nonsynonymous substitutions were used to categorize gene ontology terms differentiating the parent genomes along with a list of putative functional variants contained within each QTL. Marker assays were developed for several of the discovered polymorphisms within a pleiotropic QTL on chromosome A10. QTL analysis with the new, denser map showed the most associated marker to be that developed from an insertion/deletion polymorphism located in the candidate gene Bna.FLC.A10, and it was the only candidate within the QTL interval with observed polymorphism. Together, these results provide a glimpse of genome-wide variation differentiating annual and biennial B. napus ecotypes as well as a better understanding of the genetic basis of root and drought phenotypes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle