Low-cost ddRAD method of SNP discovery and genotyping applied to the periwinkle<i>Littorina saxatilis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Restriction-associated DNA sequencing methods are useful for simultaneously developing and genotyping DNA markers such as single nucleotide polymorphisms (SNPs). We describe a new inexpensive protocol for double-digest restriction-associated DNA (ddRAD) sequencing, requiring purchase of only two double-stranded adapter oligonucleotides complementary to the overhanging bases left by digestion with chosen restriction enzymes. Indexing of samples is instead achieved by incorporating two unique index sequences into the forward and reverse primer sequences, so that they can both be added with PCR. This modification enables combinatorial indexing of samples by paired-end sequencing. We tested this method by preparing individual genomic libraries from two putative parents and eight putative offspring from an experimental cross of a marine snail (Littorina saxatilis); each snail's DNA was extracted, double-digested with PstI and BglII, then ligated to adapters. More than 90% of the reads (12,175,413 paired-end reads and 24,350,826 total sequences) could be assigned to the sequenced individuals. Trimmed, paired reads from the putative parents were assembled into 3,421 contigs with an N50 of 135 bp. Reads from all individuals were aligned to the parental reference assembly, allowing discovery and validation of 1,131 variant SNP sites genotyped in all individuals, with mean coverage depth of 33.54 reads per locus. Individual genotypes at each of 1,131 loci were used in parentage analysis in COLONY 2.0.4.4 and confirmed that the putative parents were the true parents of eight sequenced offspring. This study demonstrates the utility of the new low-cost ddRAD protocol for library preparation and SNP variant discovery, and will enable flexibility in choice of restriction enzyme and decrease in startup costs of future ddRAD studies in molluscan species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».