Quantitative proteomic analysis for identification of phosphorous acid-responsive proteins
Notice bibliographique
Résumé
Late blight is one of the most devastating diseases of potatoes (Solanum tuberosum L.). Phosphorous acid (PA; Confineᵀᴹ) was recently registered in Canada for late blight suppression in leaves and tubers. Field trials were conducted in Prince Edward Island between 2007 and 2009 to evaluate the efficacy of PA in foliar late blight control. Phosphorous acid is a relatively harmless chemical and the mechanism of increased resistance in plants treated with PA remains enigmatic. Evaluation of the infection rate revealed that plants treated with PA suppressed late blight infection. Proteomics is a powerful tool for investigating complex biological processes at the molecular level. To understand the plant response to the PA treatment, proteomic profiles of leaves from treated and untreated plants were collected. Since the cell wall and the cytosol are the battlefields for plants against the pathogen, identification of proteins in these subcellular locations is essential. Our earlier studies have confirmed that more than 60% of identical proteins could be obtained in replicated samples. In this study, 591 reproducible proteins in cytosolic fraction and 589 proteins in cell wall fraction were identified and their abundance was statistically calculated. Results showed that 38 proteins from the cytosolic fraction and 33 proteins from the cell wall fraction were up-regulated (mean fold change > 1.4). Biological processes for up-regulated proteins by PA are classified into response to stress, proteolysis, cell wall degradation, oxidative stress and signalling. Eighteen and 13 proteins in cytosolic and wall fractions, respectively, were down-regulated (mean fold change < 0.75). Approximately 60% of down-regulated proteins play roles in metabolic processes. These preliminary results provide us with some insight into the functions of PA for late blight resistance in potatoes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».