VICO: Ontology-based representation and integrative analysis of Vaccination Informed Consent forms
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Although signing a vaccination (or immunization) informed consent form is not a federal requirement in the US and Canada, such a practice is required by many states and pharmacies. The content and structures of these informed consent forms vary, which makes it hard to compare and analyze without standardization. To facilitate vaccination informed consent data standardization and integration, it is important to examine various vaccination informed consent forms, patient answers, and consent results. In this study, we report a Vaccination Informed Consent Ontology (VICO) that extends the Informed Consent Ontology and integrates related OBO foundry ontologies, such as the Vaccine Ontology, with a focus on vaccination screening questionnaire in the vaccination informed consent domain. RESULTS: Current VICO contains 993 terms, including 248 VICO specific terms and 709 terms imported from 17 OBO Foundry ontologies. VICO ontologically represents and integrates 12 vaccination informed consent forms from the Walgreens, Costco pharmacies, Rite AID, University of Maryland College Park, and the government of Manitoba, Canada. VICO extends Informed Consent Ontology (ICO) with vaccination screening questionnaires and questions. Our use cases and examples demonstrate five usages of VICO. First, VICO provides standard, robust and consistent representation and organization of the knowledge in different vaccination informed consent forms, questionnaires, and questions. Second, VICO integrates prior knowledge, e.g., the knowledge of vaccine contraindications imported from the Vaccine Ontology (VO). Third, VICO helps manage the complexity of the domain knowledge using logically defined ontological hierarchies and axioms. VICO glues multiple schemas that represent complex vaccination informed consent contents defined in different organizations. Fourth, VICO supports efficient query and comparison, e.g., through the Description Language (DL)-Query and SPARQL. Fifth, VICO helps discover new knowledge. For instance, by integrating the prior knowledge imported from the VO with a user's answer to informed consent questions (e.g., allergic reaction question) for a specific vaccination, we can infer whether or not the patient can be vaccinated with the vaccine. CONCLUSIONS: The Vaccination Informed Consent Ontology (VICO) represents entities related to vaccination informed consents with a special focus on vaccination informed consent forms, and questionnaires and questions in the forms. Our use cases and examples demonstrated how VICO could support a platform for vaccination informed consent data standardization, data integration, and data queries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,007 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,007 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».