Abstract POSTER-TECH-1130: Identification of putative genes involved in early steps of epithelial ovarian cancer pathogenesis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Epithelial ovarian cancer (EOC) is a deadly q disease and the related statistics are alarming with 15000 lives claimed in USA each year. EOC is a subtle disease since the majority of patients at presentation are diagnosed with a higher stage disease characterized by an aggressive potential. Early diagnosis seems to be of importance since complete cure can reach up to 90% if the disease is diagnosed at an early stage. Therefore, biological markers to detect patients at an early stage of the disease progression are urgently needed. In this study, the focus was centered on the transcription factor E2F5 used as biomarker and highly expressed at early stages of EOC pathogenesis. Therefore, we hypothesize that downstream genes regulated by this transcription factor might be also involved in the early events leading to ovarian cancer and can therefore potentially serve as useful biomarkers. Chromatin Immuno-Precipitation (ChIP) was performed using two ovarian cancer cell lines SK-OV-3 and OVCAR-3 and an antibody against E2F5 transcription factor. The enriched chromatin was cloned and sequenced before using available databases for BLAST and identification of downstream regulated genes. A short list of relevant genes, all involved in cancer, was obtained and analysis for their putative role in early detection of EOC is ongoing. The selected genes will be also validated using frozen human ovarian tissues available in our institution. ChIP is a robust technology to identify genes regulated by E2F5 with a putative potential to play a crucial role in the early steps of ovarian cancer pathogenesis. Citation Format: Yahya Tamimi, Ikram Burney, Moza Al-Kalbani, Ritu Lakhtari, Roseline Godbout, Mansour Al-Moundhri. Identification of putative genes involved in early steps of epithelial ovarian cancer pathogenesis [abstract]. In: Proceedings of the 10th Biennial Ovarian Cancer Research Symposium; Sep 8-9, 2014; Seattle, WA. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2015;21(16 Suppl):Abstract nr POSTER-TECH-1130.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,030 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».