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Enregistrement W2338745479 · doi:10.14351/0831-0005-28.1.77

Best practices for genetic resources associated with natural history collections: Recommendations for practical implementation

2014· article· en· W2338745479 sur OpenAlexvenueno aff
Breda M. Zimkus, Linda Ford

Notice bibliographique

RevueCollection Forum · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSpecies Distribution and Climate Change
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésStewardship (theology)Data curationSample (material)Natural historyCollections managementData scienceComputer scienceData collectionBest practiceGenetic resourcesNatural resourceBiorepositoryProcess (computing)World Wide WebBiobankPolitical scienceBiologyEcologyBioinformaticsBiotechnologySociology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Researchers associated with natural history museums have made the collection of genetic resources a priority due to their importance in molecular studies, but often the long-term curation of these collections is difficult due to decentralized curation over multiple storage locations and lack of community best practice guidelines for their stewardship. Unlike traditional natural history specimens, the research utility of genetic samples increases with lower storage temperatures and fewer freeze–thaw events and, in addition, their use is consumptive. Collection managers must, therefore, maximize the research potential of each sample by carefully considering use on a case-by-case basis. This paper presents standardized guidelines accumulated for the management of genetic collections associated with natural history collections. These recommended practices are informed by general standards for biorepositories and augmented by information unique to natural history collections with the goal of providing a foundation for those curating genetic samples. Information pertains to all aspects of genetic sample curation and will assist those in making decisions regarding how to collect, store, track, process, and distribute genetic specimen samples. These guidelines also will allow users to make informed decisions regarding how to apply and improve the curation of their collection given their institution's goals and available resources.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,253
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,352
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,253
Score d'incertitude au seuil0,922

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,2530,352
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,005
Bibliométrie0,0150,011
Études des sciences et des technologies0,0070,007
Communication savante0,0140,017
Science ouverte0,0150,011
Intégrité de la recherche0,0140,014
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0140,008

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,071
Tête enseignante GPT0,338
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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