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Enregistrement W2338936834 · doi:10.1104/pp.16.00269

Comparative Proteomics Analysis of Arabidopsis Phloem Exudates Collected During the Induction of Systemic Acquired Resistance

2016· article· en· W2338936834 sur OpenAlexafffund
Philip Carella, Juliane Merl‐Pham, Daniel Wilson, Sanjukta Dey, Stefanie M. Hauck, Robin K. Cameron

Notice bibliographique

RevuePLANT PHYSIOLOGY · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversità degli Studi di SalernoUniversity of Toronto
Mots-clésPhloemArabidopsisProteomePseudomonas syringaeBiologyProteomicsSystemic acquired resistanceArabidopsis thalianaMutantQuantitative proteomicsPlant defense against herbivoryBotanyBiochemistryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Systemic acquired resistance (SAR) is a plant defense response that provides long-lasting, broad-spectrum pathogen resistance to uninfected systemic leaves following an initial localized infection. In Arabidopsis (Arabidopsis thaliana), local infection with virulent or avirulent strains of Pseudomonas syringae pv tomato generates long-distance SAR signals that travel from locally infected to distant leaves through the phloem to establish SAR In this study, a proteomics approach was used to identify proteins that accumulate in phloem exudates in response to the induction of SAR To accomplish this, phloem exudates collected from mock-inoculated or SAR-induced leaves of wild-type Columbia-0 plants were subjected to label-free quantitative liquid chromatography-tandem mass spectrometry proteomics. Comparing mock- and SAR-induced phloem exudate proteomes, 16 proteins were enriched in phloem exudates collected from SAR-induced plants, while 46 proteins were suppressed. SAR-related proteins THIOREDOXIN h3, ACYL-COENZYME A-BINDING PROTEIN6, and PATHOGENESIS-RELATED1 were enriched in phloem exudates of SAR-induced plants, demonstrating the strength of this approach and suggesting a role for these proteins in the phloem during SAR To identify novel components of SAR, transfer DNA mutants of differentially abundant phloem proteins were assayed for SAR competence. This analysis identified a number of new proteins (m-type thioredoxins, major latex protein-like protein, ULTRAVIOLET-B RESISTANCE8 photoreceptor) that contribute to the SAR response. The Arabidopsis SAR phloem proteome is a valuable resource for understanding SAR long-distance signaling and the dynamic nature of the phloem during plant-pathogen interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,521
Score d'incertitude au seuil0,106

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations67
Publié2016
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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