Gene expression profiling of single circulating tumor cells in ovarian cancer – Establishment of a multi‐marker gene panel
Notice bibliographique
Résumé
The presence of circulating tumor cells (CTCs) in the blood of ovarian cancer patients was shown to correlate with decreased overall survival, whereby CTCs with epithelial-mesenchymal-transition (EMT) or stem-like traits are supposed to be involved in metastatic progression and recurrence. Thus, investigating the transcriptional profiles of CTCs might help to identify therapy resistant tumor cells and to overcome treatment failure. For this purpose, we established a multi-marker panel for the molecular characterization of single CTCs, detecting epithelial (EpCAM, Muc-1, CK5/7), EMT (N-cadherin, Vimentin, Snai1/2, CD117, CD146, CD49f) and stem cell (CD44, ALDH1A1, Nanog, SOX2, Notch1/4, Oct4, Lin28) associated transcripts. First primer specificity and PCR-performance of the multiplex-RT-PCRs were successfully validated on genomic DNA and cDNA isolated from OvCar3 cells. The assay sensitivity of the epithelial panel was evaluated by adding defined numbers of tumor cells into the blood of healthy donors and performing a subsequent immunomagnetic tumor cell enrichment (AdnaTest OvarianCancerSelect), resulting in a 100% concordance for the epithelial markers EpCAM and Muc-1 to the AdnaTest OvarianCancerDetect. Additionally, by processing blood from ovarian cancer patients, high assay sensitivity could be verified. In blood of healthy donors no signals for epithelial markers were detected, for EMT and stem cell markers, however, signals were obtained mainly originating from leukocytes which calls for single cell analysis. To that aim by using the ovarian cancer cell line OvCar3, we successfully established a workflow enabling the characterization of single CTCs. It consists of a density gradient-dependent enrichment for nucleated cells, a depletion of CD45-positive cells of hematopoietic origin followed by immunofluorescent labeling of CTCs by EpCAM and Muc-1. Single CTCs are then isolated by micromanipulation and processed for panel gene expression profiling. Finally, fifteen single CTCs from three ovarian cancer patients were analyzed and found to be positive for stem cell (CD44, ALDH1A1, Nanog, Oct4) and EMT markers (N-cadherin, Vimentin, Snai2, CD117, CD146). Albeit, inter-cellular and intra/inter-patient heterogeneity and co-expression of epithelial, mesenchymal and stem cell transcripts on the same CTC was observed. We have established a robust workflow to perform sensitive single cell panel gene expression analysis without the need of pre-amplification steps. Our data point towards a heterogeneous expression of stem cell and EMT associated transcripts in ovarian cancer CTCs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».