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Enregistrement W2339731424

Plaque Structure, Prevention and Possible Cure of Alzheimer’s Disease: An Exploratory First Principle Molecular Computational Study

2009· article· en· W2339731424 sur OpenAlexaffvenue
Lewis W.Y. Lau, Sean S.H. Dawson, Vanna Z.Y. Ding, Natalie J. Galant, DongJin R. Lee, David H. Setiadi, Imre G. Csizmadia

Notice bibliographique

RevueJournal of Undergraduate Life Sciences · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueFree Radicals and Antioxidants
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBeta sheetGlutathioneGaussianHydrogen bondChemistryBiophysicsProtein structureComputational chemistryMoleculeBiochemistryBiologyEnzymeOrganic chemistry
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A model of ABeta-sheet in Alzheimer’s disease (AD) and fragments of glutathione (GSH) as a possible AD related antioxidant were studied. Conformational optimizations were performed using a three strand trialanine Beta-pleated sheet as a model of the ABeta-sheet. Two fragments of GSH: Gamma-glutamylmethylamide and N-acetyl-cysteine glycine (N-ACG) were optimized to find their conformational spaces. Calculations were performed using the restricted Hartree-Fock (RHF) formalism with a 3-21 contracted Gaussian (3-21G) basis set (RHF/3-21G level of theory). All conformational studies were carried out from first principles of quantum mechanical computations using the Gaussian 98 (G98) program. On the basis of computed fragment geometries, the initial conformation of the neutral antioxidant glutathione (GSH) was predicted for the future studies. From the study of hydrogen bonding structure of amyloid modeled by three strand trialanine Beta-pleated sheet, a hypothetic peptido-memetic drug was suggested to break ABeta-sheet structure of amyloid in the brain of AD patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,311
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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