Abstract A69: The immunological environment in triple negative breast cancer; impact on clinical outcomes towards a prognostic clinical test
Notice bibliographique
Résumé
Abstract It is now accepted that changes in the normal cells that constitute the tumor microenvironment (TME) play important roles in determining cancer progression and ultimate outcome. We and others have established that an immune signature, and more recently that the ability of CD8+ T cells to infiltrate the tumor bed, are correlated with good outcome in triple negative breast cancer. Importantly, since the cytotoxic effector functions of CD8+ T cells are mainly contact-dependent, the tumor microenvironment may act to inhibit access to the epithelial tumor bed, leading to uncontrolled tumor growth. Therefore, in order to determine the role that the TME plays on mediating the entry of CD8+ T cells into the epithelial tumor bed, our group performed laser-capture microdissection to separate the tumor epithelial compartment from the surrounding tumor-associated stroma from the primary tumor of 56 triple negative breast cancer patients and followed by gene expression profiling. Our aims are to provide clinical validation of predicted CD8+ T cell localisation based on our bioinformatic analysis, test our predictions that the identified stroma signature correlates with CD8+ T cell retention in other cohort of TN breast cancer patients and develop suitable markers of this stroma, and develop a muliplex based assay integrating CD8+ T cell localisation with stromal markers suitable for a retrospective study to validate predictions with outcome. Using gene expression profiling, our data have identified a canonical gene expression signature which correlates with retention of CD8+ T cells in the stroma and poor outcome. Thus, our results demonstrate that gene expression analysis of clinical triple negative breast cancer samples can predict the location of CD8+ T cells within the tumor and in turn the outcome. Citation Format: Mathieu Gigoux, Tina Gruosso, Nicholas Bertos, Sadiq Saleh, Atilla Omeroglu, Hong Zhao, Margarita Souleimanova, Sarkis Meterissian, Michael Hallett, Morag Park. The immunological environment in triple negative breast cancer; impact on clinical outcomes towards a prognostic clinical test. [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference: Tumor Immunology and Immunotherapy: A New Chapter; December 1-4, 2014; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Immunol Res 2015;3(10 Suppl):Abstract nr A69.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».