Whole exome sequencing for the identification of novel susceptibility genes related to familial pulmonary fibrosis in a Newfoundland cohort
Notice bibliographique
Résumé
Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a multifactorial, interstitial lung disease (ILD) which leads to the scarring and fibrosis of the alveolar interstitium. In the province of Newfoundland and Labrador, the prevalence of familial pulmonary fibrosis (FPF), in which two or more first degree relatives are affected, is high and consistent with strong genetic components segregating in this population. The study uses next generation sequencing to identify novel susceptibility genes for idiopathic pulmonary fibrosis. DNA samples from 24 patients from 14 different FPF families were analysed using whole exome sequencing. Of the 14 families sequenced, two families were selected for further analysis, R0942 and R1136. Using a filtering strategy that annotated genetic variants based on prevalence in variant databases and predicted phenotypic outcome using bioinformatics programs, a list of candidate gene variants was created. Furthermore, these variants were filtered based on functional gene annotation. Of interest were rare variants found in the genes CD109 and telomeric repeat-binding factor 1(TERF1) in families R1136 and R0942, respectively, that passed filtering criteria. The variants in CD109 (c.1474C>T; p.R492X) and TERF1, (c.311G>T; p.S104I) are thought to be involved in the regulation of the telomerase protein complex, whose reduced activity has been implicated in the development of IPF. Although neither variant completely segregated with the disease, several in silico programs support their pathogenicity and the variants appear to be rare in the general population. Functional assays of these variants will be required to accurately determine their phenotypic effects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».