Abstract 12334: A Flavor of Metabolic Disease in Pulmonary Hypertension
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Pulmonary arterial hypertension (PAH) is a severe occlusive vascular disease of the lungs. One of the primary origin of PAH is pulmonary endothelial dysfunction driving vasoconstriction, aberrant angiogenesis and smooth muscle cell proliferation, endothelial-to-mesenchymal transition, thrombosis and inflammation. Interestingly, endothelial dysfunction is maintained in culture, out of fluid and hemodynamic stress, humoral/hormonal, and inflammatory environment. Hypothesis: This aberrant phenotype may be imprinted in pulmonary endothelial cells (PEC) DNA though a specific pattern of DNA methylations. Methods: Genomic DNA was extracted from cultured PEC (passage 3): idiopathic PAH (n=11), heritable PAH (BMPR2 mutation carriers, n=10), controls (n=18). DNA methylation was assessed at over 485 000 CpG sites using the Illumina Infinium HumanMethylation450 Bead Chip. We normalized all arrays against each other using functional normalization. Differentially methylated sites were clustered with Cluster3.0 and heatmap were obtained with Treeview. Results: We discriminated controls vs PAH into 2 clusters of hypermethylated loci (119 probes= 31 promoters) and hypomethylated loci (331 probes= 116 promoters). Interestingly, 46 promoters/147 (clusters 1+2) (31%) were related to metabolic diseases (Ingenuity pathway analysis), and top molecules (fold changes up- and down regulated) includes molecules highly involved in cellular lipid metabolic process (ABCA1, Q=0.002 and ABCB4, Q=0.003), regulation of glucogenesis (ACN9, Q=2.78.10-5), lipid and glucose metabolism (ADIPOQ, Q=10-4), and insulin sensitivity and metabolism of glucose and lipids (miR-26a, Q=0.005), among others. Conclusions: the methylation fingerprint of PAH highlighted a set of molecules involved in metabolic disease and metabolism regulation. This may have fundamental and clinical implications in PAH.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,042 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».