Demographic and immune-based selection shifts before and after European contact inferred from 50 ancient and modern exomes from the Northwest Coast of North America
Notice bibliographique
Résumé
The susceptibility of Native Americans to infectious disease has been postulated as a major factor for their population decline after European contact. To investigate if a preexisting genetic component contributed to this phenomenon, we analyzed 50 exomes of both ancient and modern individuals from the Northwest Coast of North America, dating from before and after European contact. We confirmed the genetic continuity between the ancient and modern individuals and modeled the population collapse after European contact, inferring a 57% reduction in effective population size. We also identified signatures of positive selection on immune-related genes in the ancient but not the modern group. The strongest selection signal in the ancients came from the human leukocyte antigen (HLA) gene HLA-DQA1 , with alleles that are close to fixation. The important immune function of HLA-DQA1 supports an ancient adaptation to the environments of the Americas. The modern individuals show a marked decrease in the frequency of the associated alleles (the most pronounced variant showing a 64% difference). This decrease is likely due to the environmental change associated with European colonization, which resulted in a shift of selection pressures, whereby negative selection may have acted on the same gene after contact. Furthermore, the selection pressure shift could correlate to the European-borne epidemics of the 1800s, suffered in the Northwest Coast region. This is among the first studies to examine a single population through time and exemplifies the power of such studies in uncovering nuanced demographic and adaptive histories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».