Isolation and characterization of 24 polymorphic microsatellite loci for the study of genetic population structure of the sheepshead Archosargus probatocephalus (Actinopterygii, Perciformes, Sparidae)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The sheepshead (Archosargus probatocephalus) is found in nearshore waters from Nova Scotia, Canada, to Rio Grande do Sul, Brazil. In the southeastern United States two subspecies are recognized based on a number of meristic characters, primarily counts of melanistic pigment bars. The only previous study based on mtDNA control-region sequence found limited divergence between those subspecies and isolation by distance among 15 locations from Florida (Atlantic Ocean) to Texas (Gulf of Mexico). In the same study, using six sparid microsatellite markers, Bayesian analysis showed that the Gulf and Atlantic sheepshead form a single population. To reinvestigate the fine-scale genetic population structure and examine genetic support for the morphologically classified subspecies, a set of species-specific microsatellite markers was needed. FINDINGS: Here we report on 24 polymorphic microsatellite markers isolated from sheepshead and screened in 57 specimens from the Indian River, Florida. The average number of alleles per locus was 13.1; mean observed and expected heterozygosities were 0.68 and 0.73, respectively. Nine sparid markers screened for the same specimens showed an average of 8.6 alleles per locus; mean observed and expected heterozygosities were 0.46 and 0.55, respectively. CONCLUSIONS: The polymorphic markers reported here can be used to search for genetic evidence for the morphologically defined subspecies, to elucidate the fine-scale genetic population structure of this broadly distributed coastal species, and to provide an opportunity to directly compare results of population delineation between nonspecific and species-specific markers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».