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Enregistrement W2345350673 · doi:10.1101/pdb.top077560

Membrane Yeast Two-Hybrid (MYTH) Mapping of Full-Length Membrane Protein Interactions

2016· article· en· W2345350673 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Protocols · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésYeastSaccharomyces cerevisiaeComputational biologyTandem affinity purificationTwo-hybrid screeningMembrane proteinFunction (biology)ProteomicsBiologyProtein–protein interactionUbiquitinMembraneBiochemistryChemistryCell biologyGeneAffinity chromatographyEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Mapping of protein interaction networks is a major strategy for obtaining a global understanding of protein function in cells and represents one of the primary goals of proteomics research. Membrane proteins, which play key roles in human disease and as drug targets, are of considerable interest; however, because of their hydrophobic nature, mapping their interactions presents significant technical challenges and requires the use of special methodological approaches. One powerful approach is the membrane yeast two-hybrid (MYTH) assay, a split-ubiquitin-based system specifically suited to the study of full-length membrane protein interactions in vivo using the yeast Saccharomyces cerevisiae as a host. The system can be used in both low- and high-throughput formats to study proteins from a wide range of different organisms. There are two primary variants of MYTH: integrated (iMYTH), which involves endogenous expression and tagging of baits and is suitable for studying native yeast membrane proteins, and traditional (tMYTH), which involves ectopic plasmid-based expression of tagged baits and is suitable for studying membrane proteins from other organisms. Here we provide an introduction to the MYTH assay, including both the iMYTH and tMYTH variants. MYTH can be set up in almost any laboratory environment, with results typically obtainable within 4 to 6 wk.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,093
Score d'incertitude au seuil0,693

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,294
Écart entre enseignants0,271 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle