Variable van der Waals Radii Derived From a Hybrid Gaussian Charge Distribution Model for Continuum-Solvent Electrostatic Calculations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We introduce a hybrid Gaussian charge distribution model (HGM) that partitions the molecular electron density into overlapping spherical atomic domains. The semi-empirical HGM consists of atom-centered spherical Gaussian functions and discrete point charges, which are optimized to reproduce the electrostatic potential on the molecular surface as well as the number of electrons in atom-centered and certain off-atom-centered spherical regions as closely as possible. In contrast, our previous Gaussian charge distribution model [J. Chem. Phys. 129 , 014509 (2008)] contained only spherical Gaussian functions and was not required to reproduce the number of electrons in off-atom-centered regions. Variable van der Waals (vdW) radii fluctuating around the Bondi radii are derived from the HGM based on the isodensity contour concept and further employed to define the molecular cavity in our quantum mechanical/Poisson–Boltzmann/surface area model as well as the polarizable continuum model. The variable vdW radii produce more accurate solvation free energies for 31 neutral molecules than the Bondi radii for both continuum solvent models (CSM) consistently. Moreover, for H atoms, the linear dependence of the atomic radii on the atomic partial charges is identified.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».