Catalase-peroxidase (KatG) Structure and Function
Notice bibliographique
Résumé
Catalase-peroxidases, or KatGs, are fascinating multifunctional enzymes the first of which, from Escherichia coli, was characterized in 1979. The first crystal structure of a KatG from Haloarcula morismortui was reported in 2002 as a homodimer in which the N- and C-terminal domains of each subunit are structurally very similar. The core structure and heme cavity of the N-terminal domain bear a strong resemblance to plant peroxidases, and the catalytic ability is provided by a crosslinked structure involving the side chains of a methionine, a tyrosine and a tryptophan in a reversible association with a mobile arginine. The indole N–H of the tryptophan of the Met-Tyr-Trp adduct is reversibly modified with a perhydroxy modification (Trp–OOH) formed in a rapid reaction with molecular oxygen or as an intermediate in the catalytic reaction cycle. KatGs also activate the anti-tubercular pro-drug isoniazid or isonicotinic acid hydrazide by converting it to isonicotinyl-NAD. Several isoniazid binding sites have been identified in different KatGs, all in locations where electron transfer can feed electrons to the heme for superoxide synthesis, required in the activation process, and the peroxidatic reaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».