Molecular serotyping and virulence potential of Listeria monocytogenes isolated from bovine, swine and human in the province of Quebec
Notice bibliographique
Résumé
Listeria monocytogenes (L mono) cause rare but critical diseases, particularly for at risk population that include pregnant women. Food-borne origin of listeriosis is clearly recognised only since 1984. Since then, a great number of grouped cases occurred and milk or meat products, particularly pork meat, were implicated. Management of this zoonotic pathogen considers all strains as at equal risk. Recently a new perspective for characterisation of strain virulence was allowed since unaltered sequence of InlA was recognised as a key for strain virulence. Such complete InlA were reported as infrequent in so called environmental strains. Analyses of inlA sequences in strains involved in clinical cases will contribute to establish a risk based surveillance of L mono in food production. The aim of the project was, based on serovar and InlA sequencing characterisations of the strains, to compare L mono involved in animal from human cases, and clinical strains from environmental ones. In Quebec in 2013/2014 the surveillance of L mono clinical isolates provided a total of 20 strains from animal origin, and 16 PFGE-type isolated from human cases. The strain collection was completed by 32 L mono strains from holding pens of 3 main pork slaughter facilities in Quebec in 2011/2014. A PCR multiplex PCR protocol for serogrouping was used, and we propose a complement to easily reach the serovar identification (flaA PCR and agglutination against limited number of serum). inlA gene sequencing allows analysing the presence of SNP that conduct to truncated or modified InlA (PMSC-SNP). Serovar analyses show that proportions of IVB IIB vs. IIA serogroups differ according to the origin of the strain (Fisher p<0.05). Detection of low proportion of PMSC-SNP in inlA gene from clinical origin will be discussed in perspective of industrial management of the L mono risk.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».