Genetic and epigenetic study of ALS-discordant identical twins with double mutations in<i>SOD1</i>and<i>ARHGEF28</i>
Notice bibliographique
Résumé
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is characterised by a loss of motor neurons, leading to paralysis. Several autosomal dominant genes were implicated in ALS pathogenesis, such as SOD1 , with over 180 reported mutations (http://alsod.iop.kcl.ac.uk/), including a p.T137A substitution.1 ,2 Recently, ARHGEF28 , encoding an RNA binding protein involved in the aggregation of light neurofilaments in ALS, was suggested as a novel ALS gene (a heterozygous K280M>fs40X mutation was detected in three patients).3 ,4 Risk of ALS may be modulated by environmental factors, sex and ageing, which could be linked to epigenetic events (eg, DNA methylation). Monozygotic (MZ) twins provide the best opportunity to investigate environmental/epigenetic factors in disease development.5 Hence, we studied ALS-discordant MZ twins, including the evaluation of DNA methylation (DNAm) age, which is an accurate predictor of chronological age across different tissues.6 It is possible that DNAm age better reflects biological age than chronological age does, since age acceleration (DNAm age minus chronological age) was associated with several disorders and mortality. Participants were recruited from the ALS Clinic at the Sunnybrook Health Sciences Centre. Genetic and epigenetic analyses were conducted as described in the online supplementary methods, including mutation analysis of SOD1 and C9orf72 , NeuroX array, reverse transcription PCR (RT-PCR), whole genome DNA methylation array (HumanMethylation450 BeadChip) and bisulfite pyrosequencing. ### Supplementary data [jnnp-2016-313592supp.pdf] The MZ twins from a Canadian PED24 family of Italian origin were 52 years old at last examination and ALS-discordant for 17 years, with the second-born twin (9377) diagnosed with ALS at 35 years (figure 1 …
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».