Identification of novel transcriptional regulators of PKA subunits in <i>Saccharomyces cerevisiae</i> by Quantitative Promoter–Reporter Screening
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The cAMP dependent protein kinase (PKA) signaling is a broad specificity pathway that plays important roles in the transduction of environmental signals triggering precise physiological responses. cAMP-signal transduction specificity is achieved and controlled at several levels. The Saccharomyces cereviciae PKA holoenzyme consists of two catalytic subunits encoded by TPK1 , TPK2 and TPK3 genes, and two regulatory subunits encoded by BCY1 gene. In this work we studied the activity of these gene promoters using a reporter-synthetic genetic array screen, with the goal of identifying novel regulators of PKA subunits expression. Gene ontology (GO) analysis of the regulators identified showed that these regulators were enriched for annotations associated with roles in several GO biological process, as lipid and phosphate metabolism or transcription regulation and regulate all or some of the four promoters. Further characterization of the effect of these pathways on promoter activity and mRNA levels pointed to inositol, inositol polyphosphates, choline and phosphate as novel upstream signals that regulate transcription of PKA subunit genes. In addition, within each category there are genes that regulate only one of the promoters and genes that regulate more than one of them at the same time. These results support the role of transcription regulation of each PKA subunit in cAMP specificity signaling. Interestingly, many of the known targets of PKA phosphorylation are associated with the identified pathways, opening the possibility of a reciprocal regulation in which PKA would be coordinating different metabolic pathways and these processes would in turn, regulate expression of the kinase subunits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».