Comparison of Microbial Total DNA Extraction Methods from Saline-alkali Soils in Hexi Corridor
Notice bibliographique
Résumé
Due to soil microbial community structure and diversity and their change to a certain extent reflect the quality of the soil,the saline soil microbial diversity and population structure have certain application value for saline soil improvement. Saline soil is a special kind of soil type,may be a lot of salt resistance,alkali resistance and halophilic extremophiles groups,and has great development and utilization value,can build saline soil microbial macro gene pool,and screen out useful genetic resources used by mankind. To establish a method of total DNA extraction for investigation of the microbial population structure and diversity at saline-alkali soil in Hexi corridor,four kinds of methods that are M1( Omega kit method),M2( Mo Bio kit method),M3( modified high-salt method) and M4( Calcium chloride-SDS-Enzymatic) were used. The results showed that: 23. 1 kb DNA fragments were obtained by the methods,and no DNA degradation. But the DNA extraction results were very different between the 4 methods,M1 and M2 shows no clear bands but high pure DNA; M3 and M4 obtain higher DNA amount than M1 and M2,however,the DNA obtained by M3 has more impurities which affects the accuracy of subsequently analysis. The DNA purity by M4 are more approximate to the kit method,the amount of DNA extraction reached 452. 875 μg·g-1,much higher than the other 3 kinds of methods,more suitable for the subsequent experiments. The results indicated that M4 is suitable for total DNA extraction to study microbial abundance and diversity from saline-alkali soil in Hexi Corridor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».