Gut microbiota in early pediatric multiple sclerosis: a case−control study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND AND PURPOSE: Alterations in the gut microbial community composition may be influential in neurological disease. Microbial community profiles were compared between early onset pediatric multiple sclerosis (MS) and control children similar for age and sex. METHODS: Children ≤18 years old within 2 years of MS onset or controls without autoimmune disorders attending a University of California, San Francisco, USA, pediatric clinic were examined for fecal bacterial community composition and predicted function by 16S ribosomal RNA sequencing and phylogenetic reconstruction of unobserved states (PICRUSt) analysis. Associations between subject characteristics and the microbiota, including beta diversity and taxa abundance, were identified using non-parametric tests, permutational multivariate analysis of variance and negative binomial regression. RESULTS: Eighteen relapsing-remitting MS cases and 17 controls (mean age 13 years; range 4-18) were studied. Cases had a short disease duration (mean 11 months; range 2-24) and half were immunomodulatory drug (IMD) naïve. Whilst overall gut bacterial beta diversity was not significantly related to MS status, IMD exposure was (Canberra, P < 0.02). However, relative to controls, MS cases had a significant enrichment in relative abundance for members of the Desulfovibrionaceae (Bilophila, Desulfovibrio and Christensenellaceae) and depletion in Lachnospiraceae and Ruminococcaceae (all P and q < 0.000005). Microbial genes predicted as enriched in MS versus controls included those involved in glutathione metabolism (Mann-Whitney, P = 0.017), findings that were consistent regardless of IMD exposure. CONCLUSIONS: In recent onset pediatric MS, perturbations in the gut microbiome composition were observed, in parallel with predicted enrichment of metabolic pathways associated with neurodegeneration. Findings were suggestive of a pro-inflammatory milieu.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».