Enregistrement W2367975225 · doi:10.1073/pnas.1603712113

Epigenomic profiling reveals an association between persistence of DNA methylation and metabolic memory in the DCCT/EDIC type 1 diabetes cohort

2016· article· en· W2367975225 sur OpenAlexaff

Zhuo Chen, Andrew D. Paterson, John M. Lachin, Lingxiao Zhang, Dustin E. Schones, Xiwei Wu, Jinhui Wang, Joshua D. Tompkins, Saul Genuth, Barbara H. Braffett, Arthur D. Riggs, Rama Natarajan, David M. Nathan, Bernard Zinman, Oscar B. Crofford, J. Brown-Friday, Jill P. Crandall, H. Engel, Samuel S. Engel, Helen Martinez, Mark Phillips, M. Reid, Harry Shamoon, J. Sheindlin, Rose Gubitosi‐Klug, Laurel Mayer, S. Pendegast, Hernando Zegarra, David Miller, Lawrence J. Singerman, Sheila Smith-Brewer, M. NOVAK, John Quin, Mark R. Palmert, Eric J. Brown, J. McConnell, P. Pugsley, Paul Crawford, William T. Dahms, David J. Brillon, M. E. Lackaye, Szilárd Kiss, R. Chan, Anton Orlin, Mark A. Rubin, V. Reppucci, T. Lee, M. Heinemann, Shu-Lin Chang, Brian Levy, Lois Jovanovič, M. Richardson, B. Bosco, A. Dwoskin, R. Hanna, S. Barron, R. Keith Campbell, Arti Bhan, Davida Kruger, J. K. Jones, Paul Edwards, Jason Carey, Elizabeth M. Angus, Abraham Thomas, A. Galprin, Michael D. McLellan, Fred W. Whitehouse, Richard M. Bergenstal, Matthew Johnson, K. Gunyou, L. Thomas, J. Laechelt, Priscilla Hollander, M. Spencer, David M. Kendall, Robert Cuddihy, P. Callahan, S. List, John Parker Gott, Nathalie Rude, Beth A. Olson, M. Franz, G. Castle, Ruby Birk, J. Nelson, D. Freking, L. Gill, W. Mestrezat, Donnell D. Etzwiler, Kari Lock Morgan, Lloyd Paul Aiello, E. Golden, Paul G. Arrigg, V. Asuquo, Richard S. Beaser, L. Bestourous, Jerry D. Cavallerano, Robert W. Cavicchi, Om P. Ganda, Osama Hamdy, R. S. Kirby, T. Murtha, D. Schlossman, Sachin J. Shah, George S. Sharuk, P. Silva, P. Silver, Margaret E. Stockman, Jennifer K. Sun, E. Weimann, Howard Wolpert, Lloyd M. Aiello, A. Jacobson, Lawrence I. Rand, J. Rosenzwieg, Mary Larkin, M. Christofi, K. Folino, John E. Godine, Peter Lou, Christine Stevens, Ellen Anderson, H. Bode, Stuart J. Brink, Chad Cornish, David Cros, Linda M. Delahanty, Andrea deManbey, C. Haggan, Jane Lynch, Charles McKitrick, Dennis K. Norman, Dirk F. Moore, Mei‐Sing Ong, Caitlin Taylor, D. Zimbler, Sheila E. Crowell, Stephanie A. Fritz, Kasper D. Hansen, C. Gauthier‐Kelly, F. J. Service, G. Ziegler, Robert C. Colligan, Louise Schmidt, Benjamin French, R. Woodwick, R. A. Rizza, W. F. Schwenk, Morey W. Haymond, John M. Pach, J. Mortenson, B. Zimmerman, Alexander R. Lucas, Louis M. Luttrell, M. Lopes-Virella, Susan Caulder, C. Pittman, Neha Patel, K. Lee, M. Nutaitis, Jyotika K. Fernandes, Kathie L. Hermayer, Soo Bin Kwon, Amy Blevins, Jeremy C. Parker, John A. Colwell, D. Lee, J. Soule, P. Lindsey, M. Bracey, A. Farr, S. Elsing, T. Thompson, J. Bayne Selby, Timothy J. Lyons, S. Yacoub‐Wasef, M. Szpiech, D. Wood, Ronald K. Mayfield, Mark E. Molitch, Daphne T. Adelman, S. Colson, Lee M. Jampol, Alice T. Lyon, Manjot K. Gill, Z. Strugula, L. Kaminski, Rukhsana G. Mirza, Evica Simjanoski, Donna H. Ryan, Cheryl K.H. Johnson, Amisha Wallia, Senda Ajroud‐Driss, P. Astelford, N. Leloudes, Aria Degillio, B. Schaefer, S. Mudaliar, Gayle M. Lorenzi, Michael H. Goldbaum, Kenneth L. Jones, Martin R. Prince, Michael R. Swenson, Igor Grant, Rebecca G. Reed, R. Lyon, Orville Kolterman, M Giotta, Taylor L. Clark, Georgina Friedenberg, William I. Sivitz, B. Vittetoe, Joanna Kramer, M. Bayless, Rodney Zeitler, Helmut G. Schrott, Nels C. Olson, Linda Snetselaar, Robert P. Hoffman, John H. MacIndoe, T. A. Weingeist, C. Fountain, Susan R. Mendley, S. Johnsonbaugh, Marena Patronas, Maureen F. Carney, P. Salemi, R. Liss, M. Hebdon, Debra Counts, Thomas Donner, Jason Gordon, R Hemady, A. Avinoam Kowarski, Daniela Ostrowski, Scott M. Steidl, B.E. Jones, William H. Herman, Catherine L. Martin, Rodica Pop‐Busui, D. A. Greene, M. J. Stevens, N. Burkhart, T. Sandford, J. Floyd, John P. Bantle, N. Wimmergren, James G. Terry, Dara D. Koozekanani, Sandra R. Montezuma, B. Rogness, M. Mech, T. Strand, Janet E. Olson, Laurie J. McKenzie, C. Kwong, F. C. Goetz, R. Warhol, Dean P. Hainsworth, David E. Goldstein, Susan Hitt, Joseph Giangiacomo, David S. Schade, Janene L. Canady, Mark R. Burge, Arup Das, Robert B. Avery, Loren H. Ketai, J. E. Chapin, Michael Schlüter, Jonathan Rich, Carolyn Johannes, D. Hornbeck, Mark H. Schutta, P. A. Bourne, Alexander J. Brucker, Seth Braunstein, Stanley S. Schwartz, B. J. Maschak-Carey, L. Baker, Trevor J. Orchard, L. Cimino, Thomas J. Songer, Bernard H. Doft, Sara H. Olson, Dorothy Becker, Debra Rubinstein, Robert L. Bergren, J. Fruit, Rick Hyre, N. Silvers, Louis A. Lobes, Pamela Rath, Paula Conrad, S. Yalamanchi, J. Wesche, M. Bratkowksi, S Arslanian, Jeffrey S. Rinkoff, Joseph W. Warnicki, Denis Curtin, Dori Steinberg, G. Vagstad, R. Harris, L. Steranchak, J. Arch, Katherine Kelly, P. Ostrosaka, M. Guiliani, Marion Good, T. Williams, Kenneth M. Olsen, Andrew Campbell, C. Shipe, Robin Conwit, David N. Finegold, M. Zaucha, Allan Drash, Anthony Morrison, John I. Malone, M. L. Bernal, Peter R. Pavan, N. Grove, Eitaro Tanaka, Donald C. McMillan, J. Vaccaro‐Kish, L. Babbione, H. Solc, Terry J. DeClue, Samuel Dagogo‐Jack, Catrin Wigley, Harriet Ricks, A. Kitabchi, Edward Chaum, Maryanne Murphy, S. Moser, Dale R. Meyer, A. Iannacone, S. Yoser, Michael Bryer‐Ash, S. Schüßler, Helen Lambeth, Philip Raskin, Suzanne Strowig, Monica Ramirez Basco, S. Cercone, Annette Barnie, Robert G. Devenyi, Mark S. Mandelcorn, Michael H. Brent, S. Rogers, A. Gordon, N. Bakshi, Bruce A. Perkins, Laurie Tuason, F. Perdikaris, Rodney Ehrlich, Denis Daneman, Kusiel Perlman, Sarah E. Ferguson, Julie R. Palmer, R. Fahlstrom, Ian H. de Boer, James L. Kinyoun, Lois Van Ottingham, S. Catton, J S Ginsberg, Charlotte McDonald, J. Harth, M. Driscoll, Tom Sheidow, J. Mahon, C. Canny, David A. Nicolle, Pamela G. Colby, John Dupré, Irene Hramiak, N. W. Rodger, M. Jenner, Trish Smith, William F. Brown, Michael May, Joseph Hagan, Adhish Agarwal, T. Adkins, Rodney A. Lorenz, Stephen S. Feman, L. Survant, Neil H. White, L. Levandoski, G. Grand, M. Thomas, Dayle Hunt Joseph, Kevin J. Blinder, Ganga Sagar Shah, Dean B. Burgess, Isaac Boniuk, Julio Santiago, William V. Tamborlane, P. Gatcomb, Kathleen Stoessel, P. Ramos, Kelvin C. Fong, Pilar N. Ossorio, J. Ahern, Cynthia A Beck, Paul Gaston, R. R. Trail, Patricia A. Cleary, Jye‐Yu C. Backlund, Ionut Bebu, L. Diminick, Xu Gao, Wei‐Chung Hsu, K. Klumpp, Martin J. Larsen, Paula McGee, Wanjie Sun, S. Villavicencio, Kenton L. Anderson, L. Dews, Naji Younes, Brandy Rutledge, K. Chan, D Rosenberg, B. Petty, A. Determan, Danelle Kenny, C. C. Williams, Catherine C. Cowie, Carolyn Siebert, Michael W. Steffes, Valerie Arends, J. Bucksa, M. Nowicki, Blanche M. Chavers, Dena O’Leary, Joseph F. Polak, Anita Harrington, L. Funk, Richard S. Crow, B. Gloeb, Sofia Thomas, Christopher J. O’Donnell, Elsayed Z. Soliman, Z. M. Zhang, Y. Li, C. Campbell, Lisa Keasler, S. Hensley, Jingbo Hu, Margo Barr, T. Taylor, Ronald J. Prineas, Eva L. Feldman, James W. Albers, Phillip A. Low, Christine Sommer, K. Nickander, T. Speigelberg, M. Pfiefer, M. Schumer, María Morán, J. W. Farquhar, Christopher M. Ryan, D. Sandstrom, M. Geckle, Elisa Cupelli, Floyd Thoma, B. Burzuk, T. Woodfill, Barbara Blodi, David Lawrence, Hugh Wabers, Sapna Gangaputra, Sallie Neill, Matthias Burger, J. Dingledine, V. Gama, Rachael D. Sussman, Matthew D. Davis, Larry D. Hubbard, Matthew J. Budoff, Sirous Darabian, Panteha Rezaeian, Nicholas C. Wong, Marie Fox, Ronald J. Oudiz, L. Kim, Robert Detrano, Karen J. Cruickshanks, Dayna S. Dalton, Kathleen E. Bainbridge, J. Lima, David A. Bluemke, Evrim Türkbey, Rob J. van der Geest, C. Liu, Ashkan A. Malayeri, Arun K. Jain, C. Miao, Harjit Chahal, R. Jarboe, Vincent M. Monnier, David R. Sell, Christopher Strauch, Stanley L. Hazen, Arthur G. Pratt, Wan‐Yee Tang, John D. Brunzell, Jonathan Q. Purnell, L. Zhang, Zhuo Chen, Andrew P. Boright, Shelley B. Bull, Lianqin Sun, Stephen W. Scherer, Alicia J. Jenkins, Ronald Klein, Gabriel Virella, Ayad A. Jaffa, R. Carter, Julie A. Stoner, W. Timothy Garvey, Daniel T. Lackland, M. Brabham, D L McGee, Dawei Zheng, John Maynard, Hunter Wessells, Aruna V. Sarma, R. Dunn, Sarah K. Holt, Jim Hotaling, C. Kim, Quentin Clemens, Kevin T. McVary

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2016

Typearticle

Langueen

DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology

ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation

Établissements canadiensHospital for Sick Children

Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Cancer InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institutes of HealthJuvenile Diabetes Research Foundation International

Mots-clésEpigeneticsDNA methylationEpigenomicsCohortDiabetes mellitusBioinformaticsType 2 diabetesMedicinePersistence (discontinuity)Type 2 Diabetes MellitusPopulationMethylationBiologyInternal medicineEndocrinologyGeneticsDNAGene

DOI10.1073/pnas.1603712113

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We examined whether persistence of epigenetic DNA methylation (DNA-me) alterations at specific loci over two different time points in people with diabetes are associated with metabolic memory, the prolonged beneficial effects of intensive vs. conventional therapy during the Diabetes Control and Complications Trial (DCCT) on the progression of microvascular outcomes in the long-term follow-up Epidemiology of Diabetes Interventions and Complications (EDIC) Study. We compared DNA-me profiles in genomic DNA of whole blood (WB) isolated at EDIC Study baseline from 32 cases (DCCT conventional therapy group subjects showing retinopathy or albuminuria progression by EDIC Study year 10) vs. 31 controls (DCCT intensive therapy group subjects without complication progression by EDIC year 10). DNA-me was also profiled in blood monocytes (Monos) of the same patients obtained during EDIC Study years 16-17. In WB, 153 loci depicted hypomethylation, and 225 depicted hypermethylation, whereas in Monos, 155 hypomethylated loci and 247 hypermethylated loci were found (fold change ≥1.3; P < 0.005; cases vs. controls). Twelve annotated differentially methylated loci were common in both WB and Monos, including thioredoxin-interacting protein (TXNIP), known to be associated with hyperglycemia and related complications. A set of differentially methylated loci depicted similar trends of associations with prior HbA1c in both WB and Monos. In vitro, high glucose induced similar persistent hypomethylation at TXNIP in cultured THP1 Monos. These results show that DNA-me differences during the DCCT persist at certain loci associated with glycemia for several years during the EDIC Study and support an epigenetic explanation for metabolic memory.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004

score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001

Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated

Catégories candidatesaucune

Catégories consensuellesaucune

DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune

Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)

GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique

Score de désaccord entre enseignants0,102

Score d'incertitude au seuil0,138

Scores Codex et Gemma par catégorie

Catégorie	Codex	Gemma
Métarecherche	0,004	0,001
Méta-épidémiologie (sens strict)	0,000	0,000
Méta-épidémiologie (sens large)	0,000	0,000
Bibliométrie	0,000	0,000
Études des sciences et des technologies	0,000	0,000
Communication savante	0,000	0,000
Science ouverte	0,000	0,000
Intégrité de la recherche	0,000	0,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)	0,000	0,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037

Tête enseignante GPT0,296

Écart entre enseignants0,259 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail

Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)

Domainenon disponible

GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations240

Publié2016

Routes d'admission1

Résumé présentoui

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