Sequence analysis of the N genes from human metapneumovirus newly identified from children in Beijing
Notice bibliographique
Résumé
Objective A new respiratory virus, human metapneumovirus (HMPV) was recently identified from nasopharyngeal aspirates collected from infants and young children with acute respiratory infections in Beijing. To understand the characteristic of the newly discovered HMPV in Beijing, the N genes from two HMPVs which were in two different gene clusters from previous investigation were analyzed. Methods Full length of N genes from HMPV were amplified from two specimens, BJ1816 and BJ1887 collected from children hospitalized for acute respiratory infections in November 2002 by reverse-transcriptase and polymerase chain reaction (RT-PCR). The two PCR amplicons were sequenced after cloning into pUCm-T and the sequences were compared with the N genes from HMPVs in GenBank. Result The N genes amplified from specimens BJ1816 and BJ1887 were 1185bp in length. The deduced N proteins were 394 amino acids in length. The nucleotide identities of BJ1816 and BJ1887 compared with those from the first reported strain by Van den Hoogen (strain HMPV00-1) and those from Canada were 86.2%-99.0% and 86.6%-97.0%, respectively. The deduced amino acid similarities were 96.2%- 99.7% and 96.4%-99.5%. Between BJ1816 and BJ1887, the homology of nucleotides and that of amino acids were 86.6% and 96.4% respectively. Phylogenetic analysis showed that BJ1816 and BJ1887 fell into two distinct genetic clusters. Conclusion The sequence analysis of the complete N genes from two samples indicates that the pathogen associated with acute respiratory infection recently described in Beijing is HMPV. HMPVs of different genotypes may co-circulate in infants and young children in Beijing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».