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Enregistrement W2376978907

Characterization of the Essential Gene Components for Conjugal Transfer of Streptomyces lividans Linear Plasmid SLP2

2006· article· en· W2376978907 sur OpenAlexaff
Ming Xu, Ying Zhu, Mei Shen, Wei Jiang, Guoping Zhao, Zhong Jun Qin

Notice bibliographique

RevuePROGRESS IN BIOCHEMISTRY AND BIOPHYSICS · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensInstitute for Biological Sciences
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPlasmidBiologyBacterial conjugationDNAGeneStreptomycesHorizontal gene transferRolling circle replicationMolecular biologyCell biologyGeneticsBacteriaDNA replication
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Commonly, the interbacterial transfer of circular plasmids is initiated by nicking at an internal sequence, oriT, followed by transferring one strand as single-stranded DNA through a type Ⅳ secretion channel on cell membrane. In contrast, Streptomyces conjugative linear plasmids, containing a free 3'-end but a protein-capped 5'-end, can potentially undergo cell-to-cell transfer by transfer of non-nicked DNA. It was reported that circular derivatives of the Streptomyces lividans linear plasmid SLP2, as well as the parental linear plasmid itself can transfer efficiently. And the genetic requirements for such transfer was described. Efficient transfer of plasmid requires six co-transcribed SLP2 genes, encoding a Tra-like DNA translocase, cell wall hydrolase, two cell membrane proteins that interact with an ATP binding protein, and a protein of unknown function. Reduced transfer efficiency of plasmid from Sal Ⅰ R-/M-to Sal Ⅰ R/M hosts argues that transfer of both the circular and linear forms of the plasmid involves double-stranded DNA. These results suggest that conjugal transfer occurs by a similar mechanism for SLP2-derived linear and circular plasmids, and cellular membrane/wall functions in the transfer process.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,063
Score d'incertitude au seuil0,244

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations9
Publié2006
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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