COMPARISON AND APPLICATION OF SYBR GREEN AND TAQMAN BASED REAL-TIME PCR ASSAYS FOR DETECTION OF CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS
Notice bibliographique
Résumé
SYBR Green and TaqMan probe based quantitative real-time PCR(qRT-PCR) assays targeting the conserved 5-UTR region were established for detection of classical swine fever virus(CSFV).The two assays were capable of specifically detecting different groups of CSFV,whereas bovine viral diarrhea virus and a number of other porcine viruses were tested negative.The detection limit was 101TCID50 for both assays on the vaccine C-strain,more sensitive than that of conventional RT-nested PCR.Using the recombinant plasmid containing the 5-UTR gene as template,the detection limit was 3.0×100 and 3.0×101 copies for SYBR Green and TaqMan based qRT-PCR,respectively.Out of 20 samples of diseased pigs collected from Zhejiang province in 2009,8 samples were positive for CSFV by SYBR Green based qRT-PCR,which was consistent with those using RT-nested PCR.The SYBR Green based qRT-PCR was further applied to detection of viral RNA in PK-15 cells infected with CSFV.The curve of accumulated viral RNA was in agreement with the infectivity titer at different times post-infection.Therefore,the SYBR Green based qRT-PCR is specific and sensitive for detection of CSFV in tissue and cultured cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».