Subspecies typing of Vibrio parahaemolyticus in aquatic products with pulsed-field gel electrophoresis
Notice bibliographique
Résumé
Objective To assess subspecies typing of Vibrio parahaemolyticus strains from aquatic products with pulsed-field gel electrophoresis(PEGE).Methods A total of 80 selected isolates obtained from aquatic products were characterized with PFGE method.Genomic DNA was digested with restriction endonucleases NotI and SfiI.Results The isolates were grouped into 68 PFGE patterns by NotI and SfiI.Moreover,there were 70 PFGE patterns after compared with the results of the two restriction enzymes.The discrimination power of NotI was 78.8% and that of SfiI was 76.3%.Fourteen strains were from Canada four strain groups according to the Dice coefficient of 100%,thereinto,the Dice coefficient of four strains was 91.8% and the Dice coefficient of ten strains was 93.3%.Three strains form Norway and two strains from New Zealand belonged to 2 groups,with the Dice coefficient of 100%.There were no other same strains detected.Conclusion The results indicate that PFGE with both NotI and SfiI could be used in discriminant analysis for Vibrio parahaemolyticus,but NotI is more effective.The clustering analysis showes a clear disagreement among the strains and their sources.Furthermore,the strains with virulence genes are included in the same or contiguous clusters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».