Determination of Human Ral Guanine Nucleotide Dissociation Stimulator Ras Binding Domain by X-ray Diffraction
Notice bibliographique
Résumé
The Ras binding domain( RBD) is a highly conserved domain in the C-terminal region of Ral guanine nucleotide dissociation stimulator( Ral GDS),which functions as cross-linking domain between Ras and Ras-related proteins. Crystallization was setup using in situ proteolysis method of sitting drops with Red Wings and SGC-I screens. Crystals suitable for X-ray diffraction analysis were obtained by mixing equal volumes of the protein solution and the reservoir solution [2 mol / L( NH4)2SO4,0. 2 mol/L Na Ac,0. 1 mol / L N-hydroxyethyl piperazine ethanesulfonic acid( HEPES),5% 1,3-methyl-propanediol( MPD),p H 7. 5] with 1 ∶ 100( w / w) endoproteinase Glu-C. The differences of Ras-interacting regions between the mouse and human Ral GDS-RBD were revealed by X-ray diffraction analysis and the results showed that the differences were mainly on the C-terminal of Ras-interacting region. Glu838 and Glu840amino acid residues of human Ral GDS-RBD involve in the formation of hydrogen bonds between Ral GDS and Ras proteins,whereas at the same positions of mouse Ral GDS-RBD,hydrogen bonds form through Asp820 and Asp822. The overall structure of human Ral GDS-RBD adopts an ubiquitin-like conformation,which is characterized by a ββαββαβ-type tertiary structure,and the C-terminal residues of one monomer form parallel β-sheet interaction with theβ-strand of another molecule.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».