Polymorphism in the mtDNA rrnL gene of Contracaecum ogmorhini complex
Notice bibliographique
Résumé
This study examined genetic variation among three populations of C.ogmorhini and C.margolisi from different otariid hosts and geographical locations, namely, one C.ogmorhini population from Arctocephalus pusillus pusillus (CoAPP) from South Africa, another from Arctocephalus pusillus doriferus(CoAPD) from Australia, and one C.margolisi population from Zalophus californianus(CoZC) from Pacific Canada, using a polymerase chain reaction (PCR)-based mutation detection approach.A portion of the large subunit of ribosomal RNA (rrnL) gene in mitochondrial DNA (mtDNA) was amplified from individual nematodes by PCR, analysed by single-strand conformation polymorphism (SSCP), and samples displaying variable SSCP profiles were subjected to sequencing.The results showed that polymorphism existed in SSCP profiles of rrnL among different samples of CoAPP, CoAPD and CoZC.The difference in SSCP profiles between CoAPP and CoAPD was not significant, whereas the difference between CoZC and CoAPP/CoAPD was relatively distinct.Sequence analysis revealed that the nucleotide similarity between CoZC and CoAPP/CoAPD was lower than that between CoAPP and CoAPD.Two genetic markers were defined for the differentiation between CoZC and CoAPP/CoAPD.These findings confirmed that C.ogmorhini from the northern and southern hemisphere does represent a complex of two species (i.e., C.ogmorhini and C.margolisi), and rrnL could provide a genetic marker for the specific identification and differentiation of C. ogmorhini complex.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».