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Enregistrement W2394486176 · doi:10.1534/g3.116.030841

Analysis of Plasminogen Genetic Variants in Multiple Sclerosis Patients

2016· article· en· W2394486176 sur OpenAlexafffundabout
A. Dessa Sadovnick, Anthony Traboulsee, Cecily Q. Bernales, Jay P. Ross, Amanda L. Forwell, Irene M. Yee, Léna Guillot‐Noël, Bertrand Fontaine, Isabelle Cournu‐Rebeix, Antonio Alcina, Marı́a Fedetz, Guillermo Izquierdo, Fuencisla Matesanz, Kelly Hilven, Bénédicte Dubois, An Goris, Ianire Astobiza, Iraide Alloza, Alfredo Rodríguez Antigüedad, Koen Vandenbroeck, Denis A. Akkad, Orhan Aktaş, Paul Blaschke, Mathias Buttmann, Andrew Chan, Lisa-Ann Gerdes, Antje Kroner, Christian Kubisch, Tania Kümpfel, Peter Lohse, Uwe K. Zettl, Frauke Zipp, Lars Bertram, Christina M. Lill, Óscar Fernández, Patricia Urbaneja, Laura Leyva, José C. Álvarez‐Cermeño, Rafael Arroyo, Aroa M Garagorri, Ángel García-Martínez, Luisa María Villar, Elena Urcelay, Sunny Malhotra, Xavier Montalbán, Manuel Comabella, Thomas Berger, Franz Fazekas, Markus Reindl, M. Schmied, Alexander Zimprich, Carles Vilariño‐Güell

Notice bibliographique

RevueG3 Genes Genomes Genetics · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueProtease and Inhibitor Mechanisms
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesInstituto de Salud Carlos IIIVlaamse regeringEMD SeronoVancouver Coastal Health Research InstituteFonds Wetenschappelijk OnderzoekChugai PharmaceuticalAgence Nationale de la RechercheSanofiVancouver FoundationCanadian Institutes of Health ResearchJunta de AndalucíaFondation pour l'Aide à la Recherche sur la Sclérose en PlaquesKU LeuvenTeva Pharmaceutical IndustriesBiogen
Mots-clésMissense mutationProbandMultiple sclerosisGenotypingPenetranceDiseaseGeneticsMedicineFamily aggregationInternal medicineBiologyImmunologyGenotypeMutationPhenotypeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Multiple sclerosis (MS) is a prevalent neurological disease of complex etiology. Here, we describe the characterization of a multi-incident MS family that nominated a rare missense variant (p.G420D) in plasminogen (PLG) as a putative genetic risk factor for MS. Genotyping of PLG p.G420D (rs139071351) in 2160 MS patients, and 886 controls from Canada, identified 10 additional probands, two sporadic patients and one control with the variant. Segregation in families harboring the rs139071351 variant, identified p.G420D in 26 out of 30 family members diagnosed with MS, 14 unaffected parents, and 12 out of 30 family members not diagnosed with disease. Despite considerably reduced penetrance, linkage analysis supports cosegregation of PLG p.G420D and disease. Genotyping of PLG p.G420D in 14446 patients, and 8797 controls from Canada, France, Spain, Germany, Belgium, and Austria failed to identify significant association with disease (P = 0.117), despite an overall higher prevalence in patients (OR = 1.32; 95% CI = 0.93-1.87). To assess whether additional rare variants have an effect on MS risk, we sequenced PLG in 293 probands, and genotyped all rare variants in cases and controls. This analysis identified nine rare missense variants, and although three of them were exclusively observed in MS patients, segregation does not support pathogenicity. PLG is a plausible biological candidate for MS owing to its involvement in immune system response, blood-brain barrier permeability, and myelin degradation. Moreover, components of its activation cascade have been shown to present increased activity or expression in MS patients compared to controls; further studies are needed to clarify whether PLG is involved in MS susceptibility.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,270
Score d'incertitude au seuil0,874

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,192 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2016
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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