Real-Time PCR: Analyte-Specific Reagents versus FDA-Approved Kits
Notice bibliographique
Résumé
In the January 2006 issue of the Clinical Microbiology Reviews, Espy et al. published a detailed comprehensive review on real-time PCR in clinical microbiology (M. J. Espy, J. R. Uhl, L. M. Sloan, S. P. Buckwalter, M. F. Jones, E. A. Vetter, J. D. C. Yao, N. L. Wengenack, J. E. Rosenblatt, F. R. Cockerill, and T. F. Smith, Clin. Microbiol. Rev. 19:165–256, 2006). This new technology is revolutionizing laboratory diagnosis of human pathogens. The authors covered extensively the literature on real-time PCR as well as the wide array of commercially available analyte-specific reagents (ASR) and products for research use only for real-time PCR but did not provide adequate coverage of available rapid real-time PCR diagnostic kits for detection of bacterial pathogens that are approved by the Food and Drug Administration (FDA). Currently, there are two FDA-approved real-time PCR kits that can replace standard culture (H. D. Davies, M. A. Miller, S. Faro, D. Gregson, S. C. Kehl, and J. A. Jordan, Clin. Infect. Dis. 39: 1129–1135, 2004; D. K. Warren, R. S. Liao, L. R. Merz, M. Eveland, and W. M. Dunne, J. Clin. Microbiol. 42:5578– 5581, 2004) and which are both commercialized by GeneOhm Sciences (a BD Company). The first, IDI-Strep BTM, was approved by the FDA in March 2003 for detection of group B streptococci from vaginal/anal swab specimens obtained from pregnant women during delivery (Davies et al., Clin. Infect. Dis. 39:1129–1135, 2004; F. J. Picard and M.G. Bergeron, Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 23:665–671, 2004). The second, IDIMRSATM, was approved in March 2004 for detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus from a nasal swab specimen (M. G. Bergeron, A. Huletsky, F. J. Picard, and M. Boissinot, Nature 430: 141, 2004; A. Huletsky, R. Giroux, V. Rossbach, M. Gagnon, M. Vaillancourt, M. Bernier, F. Gagnon, K. Truchon, M. Bastien, F. J. Picard, A. van Belkum, M. Ouellette, P. H. Roy, and M. G. Bergeron, J. Clin. Microbiol. 42:1875–1884; Warren et al., J. Clin. Microbiol. 42:5578– 5581, 2004).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,071 | 0,041 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,006 |
| Communication savante | 0,010 | 0,012 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,008 | 0,010 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».