Identification of Active Site Residues in Glycosidases by Use of Tandem Mass Spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
The glycosidases are a class of enzymes that are responsible for the hydrolysis of glycosidic bonds. Such glycosidic linkages occur in a wide range of contexts, including polysaccharides, oligosaccharides, glycolipids, glycoproteins, lipopolysaccharides, proteoglycans, saponins, and a range of other glycoconju-gates. Corresponding to this diverse collection of substrates there is a very large assortment of glycosidases responsible for their selective hydrolysis. Amino acid sequences are now available for well over 2000 of these enzymes, and these have been arranged into families on the basis of sequence similarities (1–4). At the last count (November 1999) there were 76 such families, and a regularly updated list of these is readily available at the URL http://afmb.cnrs-mrs.fr/ R~pedro/CAZY/db.html . A large amount of effort has been expended on structural studies of these enzymes in the past 10 yr with the result that three-dimensional X-ray crystal structures are now available for representatives of at least 27 of these families (4–6). These structures are remarkably diverse, with monomer sizes ranging from approx 14,000 to 170,000 Daltons, and compositions ranging from essentially completely α-helical to almost exclusively β-sheet. The reasons for this diversity are probably twofold; the diverse nature of the substrates themselves, and different evolutionary pathways to the construction of an active site.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».