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Enregistrement W2396044539 · doi:10.1007/978-1-59745-553-4_2

Single Base Extension in Multiplex Blood Group Genotyping

2009· review· en· W2396044539 sur OpenAlexaff
Gregory A. Denomme

Notice bibliographique

RevueMethods in molecular biology · 2009
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueBlood groups and transfusion
Établissements canadiensCanadian Blood Services
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGenotypingSingle-nucleotide polymorphismMultiplexGenotypeMultiplex polymerase chain reactionWhole bloodSNPOligonucleotideBiologyBlood transfusionSNP genotypingImmunologyMedicineMolecular biologyGeneticsPolymerase chain reactionDNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Transfusion recipients who become alloimmunized to blood group antigens require antigen-negative blood to limit adverse transfusion reactions. An alternative strategy to phenotyping blood is to assay genomic DNA for the associated single nucleotide polymorphisms (SNPs). A multiplex PCR coupled with a single base oligonucleotide extension assay using genomic DNA can identify SNPs related to D, C/c, E/e, S/s, K/k, Kp(a/b), Fy(a/b), Fy0 (-33 promoter silencing polymorphism), Jk(a/b), Di(a/b), and HPA-1a/b. Using this technology, individual SNP call rates vary from 98 to 100%. The platform has the capacity to genotype thousands of samples per day. The suite of SNPs provides rapid data for both blood donors and transfusion recipients and is poised to change whose blood is provided for potential transfusion recipients. The potential to dramatically lower the incidence of alloimmunization and to avoid serious hemolytic complications of transfusions can be realized with the implementation of this technology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,955
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,078
Tête enseignante GPT0,432
Écart entre enseignants0,354 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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