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Enregistrement W2396183670 · doi:10.1007/978-1-62703-386-2_15

Identification of Thioredoxin Target Protein Networks in Cardiac Tissues of a Transgenic Mouse

2013· article· en· W2396183670 sur OpenAlexfundno aff
Cexiong Fu, Tong Liu, Andrew M. Parrott, Hong Li

Notice bibliographique

RevueMethods in molecular biology · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRedox biology and oxidative stress
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institutes of HealthCanadian Institute for Theoretical Astrophysics
Mots-clésProteomeThioredoxinProteomicsCysteineQuantitative proteomicsComputational biologyTransgeneGenetically modified mouseChemistryBiochemistryRedoxStable isotope labeling by amino acids in cell cultureBiologyOxidative stressEnzymeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The advent of sensitive and robust quantitative proteomics techniques has been emerging as a vital tool for deciphering complex biological puzzles that would have been challenging to conventional molecular biology methods. The method here describes the use of two isotope labeling techniques-isobaric tags for relative and absolute quantification (iTRAQ) and redox isotope-coded affinity tags (ICAT)-to elucidate the cardiovascular redox-proteome changes and thioredoxin 1 (Trx1)-regulated protein network in cardiac-specific Trx1 transgenic mouse models. The strategy involves the use of an amine-labeling iTRAQ technique, gauging the global proteome changes in Trx1 transgenic mice at the protein level, while ICAT, labeling redox-sensitive cysteines, reveals the redox status of cysteine residues. Collectively, these two quantitative proteomics techniques can not only quantify global changes of the cardiovascular proteome but also pinpoint specific redox-sensitive cysteine sites that are subjected to Trx1-catalyzed reduction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,343
Écart entre enseignants0,333 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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