Novel <i>P450nor</i> Gene Detection Assay Used To Characterize the Prevalence and Diversity of Soil Fungal Denitrifiers
Notice bibliographique
Résumé
UNLABELLED: Denitrifying fungi produce nitrous oxide (N2O), a potent greenhouse gas, as they generally lack the ability to convert N2O to dinitrogen. Contrary to the case for bacterial denitrifiers, the prevalence and diversity of denitrifying fungi found in the environment are not well characterized. In this study, denitrifying fungi were isolated from various soil ecosystems, and novel PCR primers targeting the P450nor gene, encoding the enzyme responsible for the conversion of nitric oxide to N2O, were developed, validated, and used to study the diversity of cultivable fungal denitrifiers. This PCR assay was also used to detect P450nor genes directly from environmental soil samples. Fungal denitrification capabilities were further validated using an N2O gas detection assay and a PCR assay targeting the nirK gene. A collection of 492 facultative anaerobic fungi was isolated from 15 soil ecosystems and taxonomically identified by sequencing the internal transcribed spacer sequence. Twenty-seven fungal denitrifiers belonging to 10 genera had the P450nor and the nirK genes and produced N2O from nitrite. N2O production is reported in strains not commonly known as denitrifiers, such as Byssochlamys nivea, Volutella ciliata, Chloridium spp., and Trichocladium spp. The prevalence of fungal denitrifiers did not follow a soil ecosystem distribution; however, a higher diversity was observed in compost and agricultural soils. The phylogenetic trees constructed using partial P450nor and nirK gene sequences revealed that both genes clustered taxonomically closely related strains together. IMPORTANCE: A PCR assay targeting the P450nor gene involved in fungal denitrification was developed and validated. The newly developed P450nor primers were used on fungal DNA extracted from a collection of fungi isolated from various soil environments and on DNA directly extracted from soil. The results indicated that approximatively 25% of all isolated fungi possessed this gene and were able to convert nitrite to N2O. All soil samples from which denitrifying fungi were isolated also tested positive for the presence of P450nor The P450nor gene detection assay was reliable in detecting a large diversity of fungal denitrifiers. Due to the lack of homology existing between P450nor and bacterial denitrification genes, it is expected that this assay will become a tool of choice for studying fungal denitrifiers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».