Demonstration of Autosomal Monoallelic Expression in Thyroid Tissue Assessed by Whole-Exome and Bulk RNA Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Congenital hypothyroidism due to thyroid dysgenesis (CHTD) is a disorder with a prevalence of 1/4000 live births, the cause of which remains unknown. The most common diagnostic category is thyroid ectopy, which occurs in up to 80% of CHTD cases. CHTD is predominantly not inherited and has a high discordance rate (>92%) between monozygotic (MZ) twins. The sporadic nature of CHTD might be explained by somatic events such as autosomal monoallelic expression (AME), given that genes expressed in a monoallelic way are more vulnerable to otherwise benign monoallelict genetic or epigenetic mutations. OBJECTIVE: The aim of this study was to search for complete (90%) AME in normal and dysgenetic thyroid tissues. METHODS: Aggregated analysis of whole-exome and bulk RNA sequencing was performed on two ectopic thyroids, four normal thyroids, and the human thyroid cell line Nthy-ori. RESULTS: A median of 5062 (range 2081-5270) genes per sample showed sufficient numbers of heterozygous single nucleotide polymorphisms to be informative. The median monoallelic expression represented 22 (range 16-32) of the informative genes for each thyroid sample. Examples of genes displaying AME are FCGBP, ZNF331, USP10, BCLAF1, and some HLA genes; these genes are involved in epithelial-mesenchymal transition, cell migration, cancer, and immunity. CONCLUSIONS: AME may account for the high discordance rate observed between MZ twins and for the sporadic nature of CHTD. These findings also have implications for other pathologies, including cancers and autoimmune disorders of the thyroid.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».