Emergence of a New Lineage of Cache Valley Virus (Bunyaviridae: Orthobunyavirus) in the Northeastern United States
Notice bibliographique
Résumé
Cache Valley virus (CVV; Family Bunyavidae, Genus Orthobunyavirus) is a mosquito-borne zoonosis that frequently infects humans and livestock in North and Central America. In the northeastern United States, CVV transmission is unpredictable from year-to-year and may derive from the periodic extinction and reintroduction of new virus strains into this region. To evaluate this possibility, we sequenced and analyzed numerous CVV isolates sampled in Connecticut during an 18-year period to determine how the virus population may change over time. Phylogenetic analyses showed the establishment of a new viral lineage during 2010 that became dominant by 2014 and appears to have originated from southern Mexico. CVV strains from Connecticut also grouped into numerous sub-clades within each lineage that included viruses from other U.S. states and Canada. We did not observe the development and stable persistence of local viral clades in Connecticut, which may reflect the episodic pattern of CVV transmission. Together, our data support the emergence of a new lineage of CVV in the northeastern United States and suggest extensive dispersal of viral strains in North America.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».