Genome Wide Association Analyses Identify New Loci for Milking Speed and Temperament in North American Holsteins
Notice bibliographique
Résumé
The objectives of this study were to identify significant genomic regions for Milking Speed (MS) and Milking Temperament (MT), run an in silico functional analysis for the corresponding genes. Genome-wide association studies (GWAS) were performed using a generalized quasi-likelihood score test, using BovineSNP50 Bead-Chip genotypes (50K SNP) from 2,363 and 2,270 Holstein bulls with proofs for MS and MT, respectively. A total of 601 and 406 SNPs were associated with MS and MT at 5% chromosome-wise false discovery rate (FDR), respectively. A total of 301 genes were found to overlap with 353 of the significant SNPs for both traits. A total of 1,308 genes were enriched (P<0.05) in 12 pathways. This study confirmed previously reported QTL and suggested new positional and functional candidate genes. The predictive ability of the significant SNPs will be investigated to validate the candidate genes and biological mechanisms that were found to be associated with MS and MT.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».