A short motif in Arabidopsis <scp>CDK</scp> inhibitor <scp>ICK</scp>1 decreases the protein level, probably through a ubiquitin‐independent mechanism
Notice bibliographique
Résumé
The ICK/KRP family of cyclin-dependent kinase (CDK) inhibitors modulates the activity of plant CDKs through protein binding. Previous work has shown that changing the levels of ICK/KRP proteins by overexpression or downregulation affects cell proliferation and plant growth, and also that the ubiquitin proteasome system is involved in degradation of ICK/KRPs. We show in this study that the region encompassing amino acids 21 to 40 is critical for ICK1 levels in both Arabidopsis and yeast. To determine how degradation of ICK1 is controlled, we analyzed the accumulation of hemagglutinin (HA) epitope-tagged ICK1 proteins in yeast mutants defective for two ubiquitin E3 ligases. The highest level of HA-ICK1 protein was observed when both the N-terminal 1-40 sequence was removed and the SCF (SKP1-Cullin1-F-box complex) function disrupted, suggesting the involvement of both SCF-dependent and SCF-independent mechanisms in the degradation of ICK1 in yeast. A short motif consisting of residues 21-30 is sufficient to render green fluorescent protein (GFP) unstable in plants and had a similar effect in plants regardless of whether it was fused to the N-terminus or C-terminus of GFP. Furthermore, results from a yeast ubiquitin receptor mutant rpn10Δ indicate that protein ubiquitination is not critical in the degradation of GFP-ICK1(1-40) in yeast. These results thus identify a protein-destabilizing sequence motif that does not contain a typical ubiquitination residue, suggesting that it probably functions through an SCF-independent mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».