Benchmarking infrastructure for mutation text mining.
Notice bibliographique
Résumé
Background: Research work on the automatic extraction of information about mutations from texts is greatly hindered by the lack of consensus evaluation facilities and easy-to-use infrastructure for testing and benchmarking of mutation text mining systems. Results: We propose a community-oriented annotation and benchmarking infrastructure to support development, testing, benchmarking, and comparison of mutation text mining systems. The design is based on semantic standards, where RDF is used to represent the annotations, an OWL ontology provides an extensible schema for the data and SPARQL is used to compute various performance metrics, so that in many cases programming is not needed to analyze system results. While large benchmark corpora for biological entity and relation extraction are focused mostly on gene, proteins, diseases, and species, our benchmarking infrastructure fills the gap for mutation information. The core infrastructure comprises of: 1) an ontology for modelling annotations, 2) SPARQL queries for performance metrics computation, and 3) a sizeable collection of manually curated documents, that can minimally support mutation grounding and mutation impact extraction. Conclusion: This is the first example of benchmarking infrastructure for mutation text mining. It is designed for community uptake. 1
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,021 | 0,053 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,010 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».