Transferability of Sorghum Microsatellite Markers to Bamboo and Detection of Polymorphic Markers
Notice bibliographique
Résumé
The use of molecular markers for the characterization and evaluation of plant genetic resources has become a useful approach in plant genetic research. Simple Sequence Repeats (SSRs) are among the markers that are widely used in genetic diversity and parental analysis owing to their co-dominant nature, high reproducibility, abundance in the genome and transferability across species or genera. The development of these markers for a species might be costly and time consuming. Hence, screening existing markers through transferability test from closely related species or family is resource conscious. In this study, the transferability of 90 polymorphic SSR markers of sorghum to bamboo was tested and polymorphic analysis of transferable markers were performed. Nearly 62% of the tested SSRs successfully recorded amplification in at least one bamboo species of which 55% were polymorphic. These polymorphic markers detected a total of 147 alleles at an average rate of 4.7 alleles per marker. The abundant alleles account 20.4% while the common and rare alleles share 39.6 and 40 %, respectively. The result showed a relatively low degree of polymorphic information content (PIC) averaging 0.29. The gene diversity index ( He ) ranged from 0.21 to 0.49 with a mean of 0.37. The cluster analysis based on the polymorphic markers surfaced most of the species in accordance with their geographic origin. The complementarity of the weighted neighbour joining tree and coordinate analysis implies the representative nature of the transferred markers for the diversity analysis of bamboo species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».