Measuring mtDNA Damage Using a Supercoiling-Sensitive qPCR Approach
Notice bibliographique
Résumé
Compromised mitochondrial DNA structural integrity can have functional consequences for mitochondrial gene expression and replication leading to metabolic and degenerative diseases, aging, and cancer. Gel electrophoresis coupled with Southern blot and probe hybridization and long PCR are established methods for detecting mtDNA damage. But each has its respective shortcomings: gel electrophoresis is at best semi-quantitative and long PCR does not offer information on the structure. To overcome these limitations, we developed a new method with real-time PCR to accurately quantify the mtDNA structural damage/repair and copy number change. We previously showed that the different mtDNA structures (supercoiled, relaxed circular, and linear) have profound influences on the outcome of the real-time PCR amplification. The supercoiled structure is inhibitory to the PCR amplification, while relaxed structures are readily amplified. We will illustrate the use of this new method by quantifying the kinetics of mtDNA damage and repair in LNCaP prostate cancer cells induced by exogenous H2O2 treatments. The use of this new method on clinical samples for spontaneous mtDNA damage level will also be highlighted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».