Comparative miRNAome Analysis Revealed Numerous Conserved and Novel Drought Responsive miRNAs in Cotton (<i>Gossypium spp.</i>)
Notice bibliographique
Résumé
Negative regulations of gene expression by endogenous, non-coding miRNAs have been shown to play important role in abiotic stress responses in plants. However, limited knowledge is available on water stress responsive miRNAs in cotton. In this study, differentially expressed drought responsive miRNAs and their targets were identified under natural field conditions through high-throughput small RNA sequencing by comparing leaf samples of drought tolerant Gossypium hirsutum cv. KC3 and drought susceptible G. barbadense cv. Suvin. Totally four small RNA libraries were constructed and sequenced by employing ion proton TM technology. Altogether, there were 39 407 089 reads with a mean read length of 22 nt. In KC3, there were 5 138 unique miRNA reads that were differentially expressed with at least two folds under water stressed conditions. In contrast, Suvin have shown 8 469 unique miRNA reads that were differentially expressed with minimum of two folds under water stressed conditions. Comparison of miRNAs expressed under water stressed conditions between KC3 and Suvin, have resulted 7 494 miRNA reads and interestingly majority of them were down regulated with at least two folds. Besides identifying large numbers of novel miRNAs, several abiotic stress responsive conserved miRNAs were also noticed. Of particular interest were miR750, miR2, miR14, miR276, miR279, miR-bantam and miR5176 that were highly down regulated in KC3 under water stress conditions. Strikingly, miR2 and miR-bantam were previously shown to target pre-apoptotic genes in biological systems. Further, the identified miRNAs were also targeting different classes of dehydrogenases, protein kinases and transcription factors. Our results revealed for the first time that there were large numbers of water stress related miRNAs that might be sequentially and/or complexly involved in gene regulation that confers drought tolerance in cotton under field conditions and they have enormous potential in elucidating the molecular mechanism of miRNA based gene regulation and more importantly in genetic improvement of drought tolerance in cotton. Further, this is the first report on experimentally identifying miRNAs in G. barbadense .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».