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Enregistrement W2403004785 · doi:10.1016/j.bbadis.2016.05.009

Frequent inactivation of MCC/CTNNBIP1 and overexpression of phospho-beta-catenin Y654 are associated with breast carcinoma: Clinical and prognostic significance

2016· article· en· W2403004785 sur OpenAlexfundno aff
Nupur Mukherjee, Hemantika Dasgupta, R.K. Bhattacharya, Debolina Pal, Rituparna Sinha Roy, S. M. Ashiqul Islam, Neyaz Alam, Jaydip Biswas, Anup Roy, Susanta Roychoudhury, Chinmay Kumar Panda

Notice bibliographique

RevueBiochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Basis of Disease · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueWnt/β-catenin signaling in development and cancer
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institute for Theoretical Astrophysics
Mots-clésDownregulation and upregulationCancer researchCateninWnt signaling pathwayMethylationColorectal cancerCyclin D1DNA methylationBiologyBeta-cateninGene expressionGeneMolecular biologyCancerGeneticsCell cycle

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Transcriptional activation of β-catenin is a hallmark of Wnt/β-catenin pathway activation. The MCC (Mutated in colorectal cancers) and CTNNBIP1 (catenin, beta interacting protein 1) are two candidate genes which inhibit the transcriptional activity of nuclear β-catenin. The importance of MCC and CTNNBIP1 in breast cancer (BC) development has not yet been studied in detail. For this reason, in present study, the alterations (deletion/methylation/mutation/expression) of MCC and CTNNBIP1 were analyzed in BC of Indian patients (N=120) followed by expression/mutation analysis of β-catenin. Then transcriptional activity of β-catenin was checked by expression analysis of its target genes (EGFR, C-MYC and CCND1) in the same set of samples. Frequent methylation (44-45%) than deletion (20-32%) with overall alterations of 52-55% was observed in MCC/CTNNBIP1 in the BC samples. The alterations of MCC/CTNNBIP1 showed significant correlation with increased nuclear β-catenin/p-β-catenin(Y654) expression. Also, a significant correlation was seen between nuclear β-catenin expression and overexpression of its target genes like EGFR, MYC and CCND1 in the BC samples (P<0.0001). An upregulation of MCC and CTNNBIP1 expression by 5-Aza-2'-deoxycytidine treatment of MCF7 and MDA-MB-231 cell lines lead to downregulation of β-catenin and its target genes. The expression of nuclear p-β-catenin(Y654), EGFR, MYC and CCND1 were significantly high in TNBC (Triple negative BC) and Her2+ compared to Luminal A/B+ subtypes. The TNBC patients in stage III/IV having reduced expression of MCC in the tumors showed poor prognosis. Thus, our data suggests that inactivation of MCC/CTNNBIP1 could be an important event in activation of β-catenin mediated transcription of target genes in BC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,230 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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