Analysis of the complementarity determining regions β-chain genomic rearrangement using high-throughput sequencing in periphery cytotoxic T lymphocytes of patients with chronic hepatitis B
Notice bibliographique
Résumé
Cytotoxic T lymphocytes (CTLs) are important for the recognition of the hepatitis B virus (HBV), mediating immunoprotective mechanisms and determining the clinical outcome following HBV infection. CTLs recognize the invading virus via the T cell receptor (TCR). The aim of the current study was to investigate the variability of TCR in lymphocytes from patients with chronic hepatitis B and whether TCR genomic recombination is regulated by the current treatment strategies. Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) were isolated from patients with chronic hepatitis B and high‑throughput sequencing was performed to analyze the gene expression diversity of β chain complementarity determining region. High‑throughput sequencing produced ~380,000 reads. The sequences of V and J family mRNAs of the β chain V area were analyzed and databases were created for all 30 V family and J family genes. Using the Basic Local Alignment Search Tool, 15 genes were identified to be upregulated in the samples following treatment. Among them, the expression of T cell receptor β variable 28 (TRBV28)_T cell receptor β joining 1‑5 (TRBJ1.5) and TRBV6_TRBJ2.10 were significantly different in the treated samples compared with samples taken prior to treatment. Genomic recombination patterns of TRBV and TRBJ of the β chain V area were observed to be different in the samples following treatment. The data of the current study demonstrated that the genomic rearrangement of the V and J segments of TCR β chain V area may be associated with the chronic progression of HBV and impact on treatment efficacy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».