Abstract P4-09-19: Comprehensive multiplatform molecular profiling identifies potentially targetable biomarkers in malignant phyllodes tumors of the breast
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Malignant phyllodes tumors are rare breast malignancies (0.1% of all breast tumors) with limited effective treatment options for recurrent and metastatic disease. Recent trials indicated a potential for anti-angiogenic therapy in soft tissue sarcomas, which led us to investigate these pathways. Materials and Methods: Thirty-five malignant phyllodes tumors (including two cases with matched primary and metastatic tumors) were profiled using gene sequencing (Next-generation and Sanger), gene copy number analysis (in-situ hybridization), whole genome RNA expression, and protein expression (immunohistochemical assay). Results: RNA microarray assay showed consistent over-expression of genes involved in angiogenesis including VEGFA, Angiopoietin2, VCAM1, PDGFRA, PTTG1, and CYP3A5 in all cases analyzed (n=5). No mutations in KDR (VEGFR2) were detected (0/26). EGFR protein overexpression was observed in 25/26 (96%) of cases with amplification of the EGFR gene in 8 cases (33%). EGFR gene mutations were identified in 2 cases (8%) including one case with presumed pathogenic V774M mutation and one case with EGFRvIII mutation. The most common mutations included those of TP53 (50%) and PIK3CA (15%) while other mutations (BRCA1, BRCA2, RET, CDH1, MLH1, ATM) were rare affecting single phyllodes cases. Two cases with matched primary and metastatic cancers harbored the same mutations in both sites (PIK3CA/KRAS and RB1 gene mutations, respectively). Conclusions: Comprehensive multiplatform profiling approach to phyllodes tumors identifies various molecular alterations of which some are potentially actionable. Our data suggests that anti-angiogenic therapy may also be effective in patients with malignant phyllodes tumor. Evaluation of EGFR pathway discovered consistent protein over-expression but rare activating mutations, which necessitates refinement in patient selection targeting these pathways. Citation Format: Gatalica Z, Vranic S, Ghazalpour A, Xiu J, Ocal I, McGill J, Bender R, Discianno E, Sanati S, Reddy S, Pockaj B. Comprehensive multiplatform molecular profiling identifies potentially targetable biomarkers in malignant phyllodes tumors of the breast. [abstract]. In: Proceedings of the Thirty-Eighth Annual CTRC-AACR San Antonio Breast Cancer Symposium: 2015 Dec 8-12; San Antonio, TX. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2016;76(4 Suppl):Abstract nr P4-09-19.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».